《二穗短柄草中抗病基因家族的分析及机器学习预测方法研究》谭生龙【pdf】

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• 内容简介:

  抗病基因对植物的生长发育起着非常重要的免疫调控作用，植物中抗病基因的数量和特征对该植物的抗病机制研究至关重要。本书选择禾本科植物二穗短柄草作为研究对象，系统鉴定了该物种内最重要的一类抗病基因家族，这类抗病基因所编码的蛋白具有核苷酸结合结构域（NBS，Nucleotide Binding Site）和亮氨酸重复结构域（LRR，Leucine―Rich Repeats），并系统分析了这些抗病基因。在获得二穗短柄草中的NBS一LRR抗病基因列表后，继续研究了其数字序列特征，并应用机器学习中的支持向量机算法对这些特征进行训练建模，构建和优化后的机器学习模型，可实现对其他已测序物种的快速抗病基因鉴定。本书可供基因分析及机器预测学习方法研究人员参考。

• 目录:

  1  绪论
  1.1  植物抗病基因概述
  1.2  植物抗病基因研究中的生物信息学
  1.3  常用生物信息学数据库和分析软件
  1.4  本书的技术线路图
  1.5  本书的主要内容
  1.6  本书的目的和意义
  2  二穗短柄草抗病基因家族NBS.LRR的鉴定与生物信息学
  分析
  2.1  引言及研究动机
  2.2  数据与方法
  2.3  结果与分析
  2.4  讨论与小结
  3  二穗短柄草NBS.LRR抗病基因家族的表达谱分析
  3.1  引言及研究动机
  3.2  基因表达谱分析的常用技术
  3.3  实验数据的获取
  3.4  结果与分析
  3.5  讨论与小结
  4 NBS―LRR基因家族预测算法的设计与应用
  4.1  研究背景
  4.2  方法与数据集
  4.3  结果与分析
  5  总结与展望
  5.1  主要研究结果
  5.2  创新点
  5.3  展望
  附录
  附录l  缩略词简表
  附录2  NBS―LRR抗病基因列表
  附录3  二穗短柄草中我们鉴定出的126个典型的NBS―LRR抗病基因的蛋白序列
  附录4  NBS一LRR抗病基因的基因簇分布
  附录5  氨基酸的部分理化性质简表
  附录6  拟南芥中的正负样本序列列表
  附录7  NBS―LRR抗病基因的蛋白序列结构域特征
  参考文献