《二穗短柄草中抗病基因家族的分析及机器学习预测方法研究》谭生龙【pdf】

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  • 内容简介:

    抗病基因对植物的生长发育起着非常重要的免疫调控作用,植物中抗病基因的数量和特征对该植物的抗病机制研究至关重要。本书选择禾本科植物二穗短柄草作为研究对象,系统鉴定了该物种内最重要的一类抗病基因家族,这类抗病基因所编码的蛋白具有核苷酸结合结构域(NBS,Nucleotide Binding Site)和亮氨酸重复结构域(LRR,Leucine―Rich Repeats),并系统分析了这些抗病基因。在获得二穗短柄草中的NBS一LRR抗病基因列表后,继续研究了其数字序列特征,并应用机器学习中的支持向量机算法对这些特征进行训练建模,构建和优化后的机器学习模型,可实现对其他已测序物种的快速抗病基因鉴定。本书可供基因分析及机器预测学习方法研究人员参考。

  • 目录:

    1  绪论
    1.1  植物抗病基因概述
    1.2  植物抗病基因研究中的生物信息学
    1.3  常用生物信息学数据库和分析软件
    1.4  本书的技术线路图
    1.5  本书的主要内容
    1.6  本书的目的和意义
    2  二穗短柄草抗病基因家族NBS.LRR的鉴定与生物信息学
    分析
    2.1  引言及研究动机
    2.2  数据与方法
    2.3  结果与分析
    2.4  讨论与小结
    3  二穗短柄草NBS.LRR抗病基因家族的表达谱分析
    3.1  引言及研究动机
    3.2  基因表达谱分析的常用技术
    3.3  实验数据的获取
    3.4  结果与分析
    3.5  讨论与小结
    4 NBS―LRR基因家族预测算法的设计与应用
    4.1  研究背景
    4.2  方法与数据集
    4.3  结果与分析
    5  总结与展望
    5.1  主要研究结果
    5.2  创新点
    5.3  展望
    附录
    附录l  缩略词简表
    附录2  NBS―LRR抗病基因列表
    附录3  二穗短柄草中我们鉴定出的126个典型的NBS―LRR抗病基因的蛋白序列
    附录4  NBS一LRR抗病基因的基因簇分布
    附录5  氨基酸的部分理化性质简表
    附录6  拟南芥中的正负样本序列列表
    附录7  NBS―LRR抗病基因的蛋白序列结构域特征
    参考文献

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