《蛋白质结构预测实验指南》岳俊杰、梁龙、冯华 化学工业出版社 2010-4

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• 内容简介:

  《蛋白质结构预测实验指南》涵盖了蛋白质结构预测的主流手段与方法，包括同源建模、折叠模式识别、分子对接、蛋白质—蛋白质复合物的结构模拟、分子结构模拟等，以蛋白质结构研究的具体操作和经典实例为素材，使得蛋白质结构预测不仅仅停留在理论阶段，让读者能够轻松地掌握蛋白质结构预测的应用技术。蛋白质结构预测是一种不依赖晶体培养、迅速、简便的获得蛋白质结构的方法，对于分子生物学、蛋白质工程、药物设计等领域研究工作具有重要的意义。
  《蛋白质结构预测实验指南》可供从事蛋白质科学研究的研究生、高年级本科生及其他研究人员参考阅读。

• 目录:

  第一章蛋白质结构概述1
  第一节蛋白质的结构层次1
  一、一级结构1
  二、二级结构1
  三、三级结构（折叠模式）2
  四、四级结构2
  第二节蛋白质结构的测定方法2
  一、X射线晶体学2
  二、核磁共振4
  三、结构分析的其他方法4
  第三节蛋白质结构预测的意义5

  第二章蛋白质二级结构预测7
  第一节蛋白质二级结构预测概述7
  第二节蛋白质二级结构预测实例8

  第三章利用同源模建法预测蛋白质结构10
  第一节同源模建的基本原理及基础10
  第二节同源模建预测蛋白质结构的基本步骤11
  一、参考蛋白搜索11
  二、确定结构保守区11
  三、蛋白主链的模建11
  四、侧链安装12
  五、优化处理12
  六、合理性检测12
  第三节利用SWISS-MODEL服务器进行蛋白质结构同源模建操作实例12
  一、登录服务器，输入目标序列12
  二、模建结果与分析13
  第四节利用DiscoveryStudio结构模拟系统进行同源模建操作实例15
  一、识别模板，比对模板16
  二、将模板进行比对19
  三、将目标序列与模板比对23
  四、使用MODELER构建目标序列的3D模型25
  五、模型评估26

  第四章利用折叠模式识别法预测蛋白质结构32
  第一节折叠模式识别法的基本原理32
  第二节折叠模式识别法预测蛋白质结构的操作实例33
  一、程序的安装33
  二、Threader程序的运行33
  三、结果分析34
  四、过滤假阳性结果36

  第五章蛋白质分子对接技术37
  第一节蛋白质分子对接概述37
  第二节利用LibDock进行分子对接的基本操作方法及实例37
  一、准备分子对接体系，执行分子对接计算38
  二、分析对接结果43
  第三节利用FlexibleDocking进行受体和配体柔性的分子对接实例46
  一、准备对接的分子体系，完成分子对接计算46
  二、分析配体对接结果49
  第四节利用AutoDock程序进行分子对接的操作及研究实例50
  一、AutoDock的安装50
  二、AutoDock的基本应用52
  三、实例分析68

  第六章蛋白质-蛋白质复合物的结构模拟70
  第一节蛋白质与蛋白质对接的意义70
  第二节利用ZDOCK来研究蛋白质-蛋白质的对接70
  一、设定一次ZDOCK计算71
  二、分析ZDOCK结果72
  三、利用RDOCK优化对接构型75
  四、使用RMSD分析结合界面的氨基酸76
  第三节利用Hex研究大分子与大分子之间的相互作用78
  一、Hex的安装79
  二、Hex的基本应用79
  三、对接实例84

  第七章蛋白质结构的分子动力学模拟85
  第一节蛋白质分子动力学模拟概述85
  第二节DiscoveryStudio平台中分子动力学操作实例86
  一、准备分子动力学体系，执行分子动力学计算86
  二、分析分子动力学计算结果90
  第三节利用NAMD进行分子动力学计算的操作及研究实例95
  一、NAMD简介95
  二、NAMD程序的安装与使用95
  三、构建模型97
  四、分子动力学模拟102
  五、可视化与数据处理108
  第四节利用GROMACS进行分子动力学模拟操作113
  一、GROMACS介绍113
  二、GROMACS的下载及安装113
  三、GROMACS的基本操作114
  本书主要参考文献123
  附录部分蛋白质结构预测相关的网上资源124